Los patógenos más frecuentemente aislados durante un período de agudización son Pseudomonas aeruginosa, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Staphilococcus aureus, Moraxella catarrhalis y enterobacterias.

Es posible que los virus tengan un papel relevante ya que se han descrito hasta en un 25% de las agudizaciones. En caso de neumonía, S. pneumoniae sigue siendo la causa más habitual.

El tratamiento de primera elección debe ser preferiblemente vía oral. En caso de agudización grave, falta de respuesta a tratamiento vía oral o gérmenes multiresistentes, pasar a vía Intravenosa.

En caso de tratamiento empírico hay que cubrir microorganismos previamente aislados y modificar posteriormente en función del cultivo de esputo.